نجح باشاغا في تحقيق العديد من الإصلاحات الأمنية فترة توليه مقاليد وزارة الداخلية، ومن أهمها استعادة هيبة ودور الوزارة ودعمها وتجهيزها، وتنظيم دورات تدريب وتأهيل للأجهزة الأمنية، ووضع أسس مشروع تفكيك وإعادة الدمج الفردي للتشكيلات المسلحة.
بالإضافة إلى ذلك، حرص على إعادة تنظيم وتقوية شرطة المنافذ الحدودية والمطارات والعمل على اطلاق مشروعه لمنظمومة الأمن الالكتروني الشامل وتوحيد منظومة الجوازات بين الشرق والغرب.
فتحي باشاغا من أبرز المنادين بضرورة وضع حد للفساد المالي والإداري المتفشي في مؤسسات الدولة، وقد قام بوضع خطة لضبط ومراقبة وتدقيق نفقات الداخلية وميزانيتها الخاصة، ولطالما كان متعاونا وداعما لحملة القضاء والنيابة العامة ضد الفساد المالي للدولة، لذلك لم يتردد في توقيع العديد من البروتوكولات في هذا الصدد أهمها مع المصرف المركزي وهيئة مكافحة الفساد.
بالإضافة إلى ذلك، وقّع باشاغا مذكرة تفاهم مع شركة K2 Intelligence الأمريكية لتأسيس أنظمة مؤمنة وموثوقة لتبادل المعلومات وتعقب الجرائم المالية وشبكاتها داخل ليبيا وخارجها.
خلال توليه منصب وزارة الداخلية، قام باشاغا باستحداث مكتب حقوق الانسان بالوزارة، والعمل بالتوازي مع منظمات حقوق الانسان والمحامين وأجهزة العدالة لضمان احترام حرية الأفراد وصون كرامتهم. كما وضع على ذمة المواطنين والمنظمات والجمعيات والناشطين بالمجتمع المدني بوابة الكترونية لتقديم البلاغات عن بعد والتنويه لأي تجاوزات أو مخالفات قد تحدث في هذا الإطار.
بالإضافة إلى ذلك، حرص باشاغا على إعادة الموظفين الذين تم ابعادهم تعسّفا، ولأسباب سياسية، من أجهزة الداخلية الإدارية والأمنية. كما اتخذ أيضا عددا من القرارات التاريخية وأهمها إعادة العقارات والأملاك الشخصية التي تتصرف فيها الوزارة وأجهزتها إلى أصحابها الأصليين، وتمكين المواطنين من جوازات السفر التي حُرموا منها دون أي وجه حق.
بذل باشاغا جهودا حثيثة لدعم مخرجات الحوار السياسي، حيث حرص على عقد اجتماعات عديدة مع اللجنة العسكرية 5+5، وذلك لضمان مشاركة الوزارة في المساعي الرامية لإخراج البلاد من الأزمة التي تعيشها، على سبيل المثال من خلال التسريع في سحب المرتزقة من منطقة التماس، وتشكيل قوة أمنية مشتركة لتأمين الطريق الساحلي سرت ـ مصراته، وتجهيزها بالإمكانيات اللازمة، بالإضافة إلى المساهمة في تطبيق اتفاق وقف إطلاق النار.
كما اقترح باشاغا خطة شاملة لتصنيف الميليشيات والجماعات المسلحة وتفكيكها ونزع سلاحها، ومن ثم وضع آلية وشروط لإعادة تأهيلها واستيعابها في الأجهزة الأمنية.
يحرص باشاغا على دعم المصالحة الوطنية والوصول إلى نتائج إيجابية تخدم المصلحة الجماعية. حيث بذل جهودا كبيرة لإعادة جسر النسيج الاجتماعي المتضرر، بما يضمن الحفاظ على اللحمة الوطنية وبناء ليبيا جديدة بعيدا عن الجهوية والقبلية وحكم الفرد الواحد.
عمل باشاغا أيضا على إقامة برامج جبر ضرر لمعالجة الانتهاكات واسعة النطاق والخطيرة لحقوق الانسان داخل البلاد، وقد دعا في السياق ذاته إلى إطلاق سراح الأسرى غير المتورطين في جرائم حرب موثقة، وإعادة الموظفين الذين تم ابعادهم تعسّفا، ولأسباب سياسية، من أجهزة الداخلية الإدارية والأمنية. كما اتخذ أيضا عددا من القرارات التاريخية في هذا المجال، وأهمها إعادة العقارات والأملاك الشخصية التي تتصرف فيها الوزارة وأجهزتها إلى أصحابها الأصليين، وتمكين المواطنين من جوازات السفر التي حُرموا منها دون أي وجه حق.
لعب باشاغا دورا هاما في تمتين العلاقات وتعزيز أواصر التعاون بين ليبيا والعديد من الدول المؤثرة على غرار تركيا ومصر وتونس والجزائر والولايات المتحدة وألمانيا وقطر وفرنسا وإيطاليا وبريطانيا، وذلك بما يصبّ في مصلحة الدولة الليبية ومختلف مؤسساتها الأمنية والعسكرية، وبما يساهم في دعم المصالحة والحل السلمي.
وايمانا منه بضرورة انفتاح ليبيا على كلّ أشكال التعاون الدولي، قام باشاغا بتوقيع اتفاقيات مع عدد من الشركات العالمية المرموقة بما يضمن مواكبة ليبيا لآخر التطورات والتقنيات المستخدمة في المجالات الأمنية والتقنية. حيث وقع اتفاقية مع شركة ايرباص لتوفير عشر طائرات هليكوبتر مجهزة بالكامل لاستعمالها في أغراض مكافحة الجريمة المنظمة والجماعات الإرهابية، وذلك في إطار الجهود المبذولة للرفع من إمكانيات وزارة الداخلية في مجالات البحث والإنقاذ ومراقبة الحدود والسواحل وخطوط تهريب البشر ومهام السلامة المدنية.
وفي نفس السياق، وقع باشاغا اتفاقية مع شركة روز بارتنرز البريطانية لإنشاء غرفة أمنية عليا ستعمل على تحقيق الأمن في ليبيا ومواكبة مختلف التغيرات الأمنية التي طرأت على وزارات الداخلية في غالبية دول العالم، بما يساهم في ضمان أمن وسلامة كافّة أفراد الشعب الليبي.
أمّا في مجال التقنية والتكنولوجيا الحديثة، فقد قام باشاغا بتوقيع بروتوكول اتفاق مع شركة إيديميا الفرنسية للحصول على نظام تحديد هوية بيو متري. كما وقع مذكرة تفاهم مع شركة K2 Intelligence الأمريكية لتأسيس أنظمة مؤمنة وموثوقة لتبادل المعلومات وتعقب الجرائم المالية وشبكاتها داخل ليبيا وخارجها.